Microarray data clustering

Microarray data clustering


Introduction

개선된 Average-linkage method 를 사용해서 Microarray data 를 clustering 한다. 기존 프로그램에서 수행하고 있는 Global clustering 을 수행한 후 사용자가 원하는 부분을 다시 Local clustering 할 수 있으며 반대방향으로 움직이는 Gene 을 찾을 때 유용한 Reverse Clustering 을 지원한다. 클러스터 결과를 사용자가 쉽게 파악할 수 있도록 연관성이 높은 클러스터는 선으로 묶어준다.

Cluster 를 클릭하면 클러스터링 결과를 아래쪽에 보여준다.
Reverse cluster 를 클릭하면 반대방향으로 움직이는 유전자도 함께 클러스터링 한다.

중간: 클러스터링 결과. 상/좌측 그룹: 클러스터링 그림에 가까울 수록 점수가 높다. 우측: Gene ID 와 Name. 상/좌측: 그룹을 클릭하면 선택 부분이 다시 클러스터링 된다. 클러스터링 그림 좌측 상단의 GeneList 를 클릭하면 Gene ID 와 Name 을 Text 형태로 보여준다.


average-linkage method

세로(gene), 가로(condition) clustering 은 동일한 알고리즘으로 독립적으로 수행한다. 아래는 gene 방향으로 클러스터링 하는 방법을 설명한다.

두 Gene 간의 상관점수는 아래와 같이 계산한다.


S(X,Y) 대신에 S'(X,Y) 를 사용하면 반대방향으로 움직이는 유전자도 클러스터링 된다.


모든 X,Y 에 대해서 최대 S(X,Y) 인 X,Y 를 하나로 합한다.


위 작업을 더이상 수행할 것이 없을때 까지 (number of gene - 1) 반복한다.


Reference

1. Cluster analysis and display of genome-wide expression patterns. Proc. Natl. Acad. Sci. USA Vol. 95, pp. 14863-14868, December 1998 Genetics
2. Cluster and TreeView Manual. Michael Eisen. Stanford University 1998-99